Niejednoznaczne użycie San Juan Bautista oraz Puerto Rico zarówno dla miasta, jak i wyspy, doprowadziło z czasem do odwrócenia praktycznego wykorzystania przez większość mieszkańców: w 1746 roku nazwa miasta (Puerto Rico) stała się nazwą całej wyspy, co doprowadziło do zidentyfikowania miasta jako na mapach z epoki. Puerto Rico de Puerto Rico

San Juan, jako osada Imperium hiszpańskiego, było wykorzystywane przez statki handlowe i wojskowe wypływające z Hiszpanii jako pierwszy przystanek w podróży Ameryki. Ze względu na jego znaczenie na Karaibach zbudowano sieć fortyfikacji, aby chronić transport złota i srebra z Nowego Świata do Europy. Ze względu na bogate ładunki San Juan stało się celem ówczesnych obcych mocarstw.

San Juan zostało dotknięte atakami angielskich Korsarzy pod wodzą Sir Francisa Drake w tzw. pierwszej Bitwie o San Juan 1595 r. (w tzw. Bitwa o Portoryko ) oraz George Clifford Earl Cumberland w kolejnej Bitwie pod Puerto Rico w 1598 r., a także nieudanego ataku holendrskiego Korsarza Boudewijna Hendricksz'a podczas Bitwy o San Juan w 1625 roku.

Artyleria z fortu San Juan El Morro odepchnęła Drake'a; jednakże Cliffordowi udało się wysadzić wojska i rozpocząć oblężenie miasta.^[21] Po kilku miesiącach angielskiej okupacji Clifford został zmuszony do zaprzestania oblężenia kiedy jego żołnierze zaczęli cierpieć z powodu wyczerpania i chorób. W 1625 roku miasto zostało splądrowane przez siły holenderskie dowodzone przez kapitana Balduino Enrico (znanego również jako Boudewijn Hendricksz/Bowdoin Henrick), ale El Morro wytrzymało atak i nie zostało podjęte. Holendrzy zostali kontratakowani przez kapitana Juana de Amézqueta i 50 członków milicji cywilnej na lądzie oraz przez armaty wojsk hiszpańskich w zamku El Morro. W bitwie lądowej zginęło 60 żołnierzy holenderskich, a Enrico odniósł ranę od miecza na szyi, którą otrzymał z rąk Amézquety.^[22][[22][]^{niewiarygodne źródło?}

Na pokład holenderskich statków na morzu weszli Portorykańczycy, którzy pokonali osoby na pokładzie. Po długiej bitwie hiszpańscy żołnierze i ochotnicy miejskiej milicji byli w stanie obronić miasto przed atakiem i uratować wyspę przed inwazją. 21 października Enrico podpalił La Fortalezę i miasto. Kapitanowie Amézqueta i Andrés Botello postanowili położyć kres zniszczeniom i poprowadzili 200 ludzi do ataku na przednią i tylną straż wroga. W pośpiechu wypędzili Enrico i jego ludzi z okopów do oceanu, aby dotrzeć do statków.

Brytyjski atak w 1797 r. podczas francuskich wojen o niepodległość, dowodzony przez Sir Ralpha Abercromby'ego (który właśnie podbił Trynidad ). Jego armia oblegała miasto, ale została zmuszona do wycofania się po porażce, ponieważ obrona portorykańska okazała się bardziej odporna niż obrona Trynidadu. Różne wydarzenia i okoliczności, w tym zliberalizowany handel z Hiszpanią, otwarcie wyspy dla imigrantów jako bezpośredni skutek Królewskiego dekretu łaski z 1815 r. oraz rewolucje kolonialne doprowadziły do ??ekspansji San Juan i innych osad portorykańskich pod koniec XVIII i na początku XIX wieku.