Audiencia sprawowała bardzo wyraźną władzę nad usługami urzędników państwowych i urzędników państwowych na Filipinach i zgłaszała sądowi wszystkie sprawy związane z zachowaniem, pracą lub postawą jakiegokolwiek pracownika lub urzędnika państwowego. Samemu gubernatorowi generalnemu zabroniono zezwalania na nadzwyczajne wydatki ze skarbu bez wyraźnej zgody królewskiej, z wyjątkiem przypadków zamieszek lub inwazji.

Oidoresowi zabroniono przyjmowania jakichkolwiek opłat od jakiejkolwiek osoby prywatnej lub występowania w jej imieniu, a także nie mogli posiadać przynoszących dochód majątków na gruntach ornych lub bydle. Oidoresowi nie wolno było również zajmować się biznesem, ani samodzielnie, ani w spółce, ani nie mogli korzystać z usług tubylców. Każdy mógł wnieść pozew przeciwko Oidorowi. Audiencii nie wolno było działać samodzielnie w wyborze sędziów, a sędziom zakazano rozpoznawania spraw dotyczących ich samych lub ich krewnych. Żaden krewny Prezydenta ani Oidor nie mógł być legalnie mianowany na stanowisko rządowe. Zarzuty karne przeciwko oidores miał być sądzony przez generalnego gubernatora z pomocą urzędników państwowych zdolnych do osądzenia sprawy.

Audiencia wielokrotnie przejmowała odpowiedzialność za obronę Filipin, na przykład w 1607 r., kiedy utrzymywała obronę Manili i Cavite przed Holendrami, lub między 1762 a 1764 r., kiedy władzę wojskową objął Oidor Simón de Anda y Salazar . w imieniu Audiencia, organizując i utrzymując obronę przed Brytyjczykami, którzy najechali Manilę, posunięcie to zostało później zatwierdzone przez króla Hiszpanii.

Audiencia przejęła również tymczasowe uprawnienia wojskowe za rządów Pedro Bravo de Acuna , Juana de Silvy , Juana Nino de Tabora , Sebastiana Hurtado de Corcuera (1635-1644) i Diego Fajardo Chacón , ponieważ byli zaangażowani w długie wyprawy wojskowe poza Manilą.

Wśród najczęściej zgłaszanych skarg na Generalnego Gubernatora i jego wojskowych podwładnych było nadużycie władzy. Aby pociągnąć cały personel wojskowy do odpowiedzialności za swoje czyny, pod koniec ich kadencji odbył się juicio de rezydencja (proces rezydencji) (chociaż mógł się odbyć w dowolnym momencie, jeśli uznano to za konieczne).

Edward Gaylord Bourne opisał ten proces jako niezwykle surowy: "Miał on na celu zapewnienie metody, za pomocą której urzędnicy mogliby zostać pociągnięci do ścisłej odpowiedzialności za wszystkie czyny podczas ich kadencji. ... Aby umożliwić konkurs w sądach z udziałem gubernatora Jego uprawnienia podczas jego kadencji byłyby wywrotowe wobec jego władzy. Miał więc być trzymany w ryzach, zdając sobie sprawę, że zbliża się dzień sądu, w którym każdy, nawet najbiedniejszy Hindus, będzie mógł z całkowitym bezpieczeństwem wnieść oskarżenie. na Filipinach Residencia dla gubernatora trwała sześć miesięcy i była prowadzona przez jego następcę, a wszystkie postawione zarzuty zostały przekazane Hiszpanii".

Jednym z najsłynniejszych procesów Residencia był proces Sebastiána Hurtado de Corcuera , generalnego gubernatora w latach 1636-1644, który podczas swoich rządów zdołał rozgniewać kilka osobistości z hierarchii kościelnej, wojskowej i cywilnej. Po odejściu ze stanowiska miał szczególnie surową Juicio de Residencia, po której został skazany na karę więzienia, którą spędził pięć lat w Fort Santiago i musiał zapłacić znaczną grzywnę.

Inny generalny gubernator, Fausto Cruzat y Gongora , został skazany pod koniec swojej kadencji w 1701 roku za oszukiwanie miejscowych robotników. Trybunał doszedł do wniosku, że "chociaż szacunkowy koszt budowy domu rządowego wyniósł 30 000 peso, wypłacono tylko 6000 peso, a pozostała część stanowiła wkład tubylców w ich pot i krew", w czasie, gdy jedno peso było równowartością roczną pensję rodzimego budowniczego galeonów w Cavite i dom można było kupić za dwadzieścia pesos.

Jose Basco y Vargas , który po raz pierwszy przybył na Filipiny za rządów gubernatora Pedro Manuela de Arandia, jako Oidor of the Audiencia, został również zmuszony do zniesienia Juicio de Residencia z zarzutami wniesionymi przeciwko niemu w 1764 r., Podczas którego dokonano przeglądu swoich czynów, gdy jako Oidor kontynuował opór po upadku Manili podczas krótkiej brytyjskiej okupacji Manili , wbrew rozkazom arcybiskupa Rojo . ^[9] Jego działania spotkały się nie tylko z aprobatą, ale także przyznano mu wysokie odznaczenia i awanse. 19 listopada 1769 roku otrzymał dożywotnią roczną emeryturę w wysokości 3000 pesos. Basco y Vargas został później 44. gubernatorem Filipin, rządząc od 1778 do 1787 roku.

Już w 1585 r. jezuici wystąpili z wnioskiem o utworzenie kolegium w Manili, ale choć Audiencia zadowalająco relacjonowała prace zakonu jezuitów, uznała, że ??nie ma potrzeby finansowania tak kosztownego przedsięwzięcia, udzielając jedynie zezwolenia na utworzenie kolegium San Jose w 1601 r., który zdołał utrzymać się bez pomocy królewskiej do 1767 r. w 1648 r. jezuici ponownie zwrócili się do Audiencia o prawo nadawania stopni naukowych na nowo zmodernizowanym Uniwersytecie Santo Tomasi ponownie ich wniosek został odrzucony przez trybunał. Jednak orzeczenie Audiencii zostało uchylone przez Radę Indii w 1653 r. W 1769 r., po wypędzeniu jezuitów, Audiencia próbowała przez pewien czas administrować San Jose, ale wydano cedułę nakazującą zamknięcie kolegium i przeniesienie wszystkich obecnych studentów do świeckich kolegiów i seminariów. Audiencia następnie zgłosiła Radzie Indii szczegóły transakcji, które obejmowały dochody pochodzące z posiadłości jezuickich, z których dochody były przekazywane do Skarbu Królewskiego. Arcybiskup Manili próbował uzyskać administrację nad wszystkimi tymi nieruchomościami i dochodami, ale zostało to powstrzymane przez Audiencia. Korona podtrzymała środki Audiencii i zabroniła prałatowi prób przywłaszczenia sobie któregokolwiek z tych aktywów.