W historii portu często pojawiały się propozycje przeniesienia terminalu Acapulco do innego portu. Powodem był fakt, że poszukiwano większej dostępności do Meksyku, lepszych warunków pogodowych i innych korzyści. Najpoważniejszymi propozycjami tego typu było przeniesienie terminala do San Blas lub do Bahía de Banderas ²⁷? faworyzował San Blas. Jednak w tym czasie handel na Filipinach notorycznie podupadł, a Acapulco mogło utrzymać pozycję, którą zajmowało przez dwa stulecia, na mocy oficjalnej inercji i swojego niezrównanego portu. markiz Branciforte opowiadał się za utrzymaniem terminalu w Acapulco, ale Revilla Gigedo powstał pomysł przeniesienia terminalu galeonów do portu północnego. Nastąpiło to szczególnie od czasu utworzenia Departamentu San Blas. Port ten zyskał na znaczeniu ze względu na swoje położenie jako punktu wyjścia dla nowej działalności wzdłuż wybrzeża Kalifornii, a stamtąd na północ. W swoich instrukcjach dla swojego następcy wicekról xviii wieku  w wicekrólestwa na wybrzeżu Jalisco. Wraz ze wzrostem liczby ludności północno-zachodnich prowincji

Wraz z początkiem wojny o niepodległość w 1810 r. rozpoczął się proces, który położył kres komunikacji i handlowi z Manilą aż do portu w Acapulco. Pomysł zajęcia portu Acapulco przez powstańców sięga roku 1810, kiedy to w Indaparapeo spotkali się Miguel Hidalgo y Costilla oraz José María Morelos. Celem zajęcia portu było rozbicie sieci komunikacyjnej wicekrólestwa, odizolowanie wybrzeża Pacyfiku i Filipin, przerwanie systemu handlowego, czerpanie korzyści z produktów z rynku azjatyckiego i nawiązać relacje z zagranicą. W listopadzie tego samego roku Morelos zorganizował kontyngent, którego celem było zdobycie Acapulco. Po przybyciu otoczyli je, aby je oblegać, odcinając wszelką komunikację lądową ze stolicą, w tym dostawy żywności. W ten sposób przerwana została komunikacja pomiędzy Meksykiem z wybrzeżem Pacyfiku, a co za tym idzie, z obszarami, które łączył ten port, takimi jak Ameryka Południowa i Środkowa i Filipiny.

Między rokiem 1810 a 1813 toczył się proces walk pomiędzy powstańcami a rojalistami, który doprowadził do zmiany szlaków żeglugowych na Pacyfiku. Czasami fort San Diego był zdobywany przez powstańców, innym razem przez rojalistów. Jarmarki, które regularnie odbywały się z okazji przybycia galeonu, zostały przerwane. Konsekwencją tej izolacji fortu było to, że w 1812 wydano do Nao rozkaz, aby nie docierali do Acapulco i udali się do < a i =7>San Blas, przynajmniej do czasu spacyfikowania regionu. Jarmark odbywał się w Tepic, a dopiero w 1814 roku Manilski Galeon. Pierwszego Cesarstwa Meksykańskiego. Port będący w tych latach we władzy powstańców został przez nich zapomniany i nie otrzymał wsparcia ani zaopatrzenia. Zaniedbanie to osiągnęło taki punkt, że w 1814 roku Morelos ogłosił nawet likwidację portu. Pomimo tego rozkazu, 12 kwietnia port ponownie wpadł w ręce rojalistów i pozostał w tym stanie aż do 15 października 1821 roku, kiedy to miasto przeszło w ręce oblężenia Acapulco dotrze do Acapulco. Sytuacja uległa pogorszeniu w 1813 roku podczas