Istniały także Rady o charakterze terytorialnym, których funkcje specjalizowały się w konkretnej przestrzeni terytorialnej, Rada Kastylii, Rada Aragonii, Rada Nawarry, Rada Włoch, Rada Indii, Rada Flandrii i Rada Portugalii . Rada Portugalii, utworzona w 1582 r., była zintegrowana z prezydentem i sześcioma (później czterema) doradcami i została zniesiona pod koniec wojny w 1668 r., kiedy Karol II Hiszpańskizrzekł się tytułu króla Portugalii. Funkcja Rady polega na reprezentowaniu blisko króla dworów Korony Portugalii w sprawach, które zależą od sprawiedliwości, łaski i wreszcie gospodarki królewskiej domeny portugalskiej. Każda decyzja króla, która dotyczy jego królestwa, musi być przedmiotem konsultacji z radą, zanim zostanie przekazana do kancelarii lizbońskiej i do zainteresowanych sądów. Rada Portugalii zna dwa zaćmienia: w 1619 r. z powodu obecności króla w Lizbonie oraz między 1639 a 1658 r. zastąpiona juntą portugalską. Od Restauraçao Rada nadal istniała od czasów Filipa IVnie uznał niepodległości Portugalii i przeprowadził opiekę wiernych Portugalczyków nad hiszpańskim monarchą i rządem Ceuty.

• Rada Stanu. Conselho de Estado w Lizbonie to prywatna rada króla, której powierzono omawianie głównych kwestii związanych z Koroną, zwłaszcza dotyczących polityki zagranicznej. Doradcy mogli przesyłać swoje uwagi królowi, a król konsultował się z nimi za pośrednictwem swojego namiestnika. Chociaż Conselho de Estado z Lizbony pełnił funkcję wielkiej rady doradczej królewskiego delegata, ta Rada Stanu nie miała jasno określonych uprawnień administracyjnych i właściwie nie pełniła odpowiedniej roli koordynacyjnej. Hiszpańscy królowie utrzymywali system dwóch sekretarzy stanu, jednego dla królestwa, a drugiego dla "Indii", to znaczy dla kolonii, pomimo kilku konfliktów o jurysdykcję, aż do powstania Conselho da Índia w 1604 .
• W ten sam sposób królowie hiszpańscy zachowali Mesa da Consciencia e Ordens , która była zarówno trybunałem, jak i radą do spraw religijnych i była odpowiedzialna za administrowanie nominacjami kościelnymi oraz za majątek zakonów wojskowych w koloniach, a także w kraju ojczystym.
• Portugalska Inkwizycja pozostała niezależna od Mesa da Consciencia e Ordens . Były trzy główne sądy w Lizbonie, Coimbrze i Évorze.
• Zachował się również Desembargo do Paço . Szczytem całego portugalskiego systemu sądownictwa był Desembargo do Paço , czyli Królewska Rada Sprawiedliwości w Lizbonie. Ta rada, najwyższy sąd w królestwie, kontrolowała powoływanie wszystkich sędziów pokoju i sędziów oraz nadzorowała Casa da Suplicaçao , czyli Sąd Apelacyjny w Lizbonie, a także sądy wyższe na portugalskich terytoriach zamorskich. Pierwszą funkcją Desembargo do Paço było kontrolowanie rekrutacji sędziów ( leitura de bacharéis ) i monitorowanie ich w wykonywaniu ich obowiązków, kontrola rozciąga się na wszystkie zawody prawnicze. Desembargo do Paçomusiał rozstrzygać konflikty między innymi sądami królestwa. Sąd ten udzielał dyspens, aktów legitymizacji i innych istotnych kwestii dotyczących sprawiedliwości i łaski, a także czasami doradzał królowi w sprawach politycznych i gospodarczych, a także sądowych. Ponadto komisja prawników powołana w celu zreformowania systemu prawnego opracowała nowy kodeks dla Portugalii, Ordenaçoes Filipinas , ogłoszony w 1603 r.
• Casa da Suplicaçao i Casa do Cível to dwa królewskie sądy apelacyjne dla spraw cywilnych jako spraw karnych. Casa do Cível sprawowała jurysdykcję nad północną częścią królestwa, a Casa da Suplicaçao nad resztą królestwa, w tym wyspami i zamorskimi.
• W 1591 r. Czterech Vedores da Fazenda (nadzorców skarbu) zostało zastąpionych przez Conselho da Fazenda, w skład którego wchodzi jeden Vedor da Fazenda , przewodniczący czterem radnym (w tym dwóch prawnikom) i czterem sekretarzom. Conselho da Fazenda sprawował kontrolę nad urzędnikami finansowymi, administrował dobrami poszczególnych królów oraz sprawował swoją jurysdykcję nad celami i arsenałami, sądem obrachunkowym i administracją monopolistycznego handlu z zamorskimi.
• Od 1604 r. Nowo utworzonemu Conselho da Índia nadano uprawnienia do wszystkich spraw zamorskich, z wyjątkiem spraw dotyczących Madery, Azorów i twierdz w Maroku, a także mianowano urzędników kolonialnych i obsługiwano ich depesze. Jednak to Conselho da Fazenda zajmował się wyprawami morskimi, kupnem i sprzedażą pieprzu oraz poborem dochodów królewskich, a właściwie wszystkimi sprawami gospodarczymi. W związku z tym Conselho da Índia wykonywała jedynie ograniczone uprawnienia. Jako dzieło hiszpańskiego króla był traktowany z niechęcią przez Portugalczyków i z powodu zazdrości Mesa da Consciencia e Ordens zniknął w 1614 roku.

Przez cały XVII wiek nasilające się najazdy korsarzy holenderskich, angielskich i francuskich na portugalską żeglugę handlową oraz zakładanie przez nich punktów handlowych w Afryce, Azji i obu Amerykach podważyło monopol Portugalii na lukratywny Handel przyprawami

To spowodowało długi upadek portugalskiego handlu przyprawami. Przekierowanie bogactwa z Portugalii przez monarchię Habsburgów w celu wsparcia katolickiej strony wojny trzydziestoletniej również stworzyło napięcia w unii, chociaż Portugalia również skorzystała z hiszpańskiej potęgi militarnej, pomagając zachować Brazylię i zakłócając holenderski handel. Te wydarzenia i te, które miały miejsce pod koniec dynastii Avizi Unia Iberyjska doprowadziły Portugalię do stanu zależności od swoich kolonii, najpierw Indii , a następnie Brazylii.

Połączenie obu koron pozbawiło Portugalię odrębnej polityki zagranicznej, a wrogowie Hiszpanii stali się wrogami Portugalii. Anglia była sojusznikiem Portugalii od czasu podpisania traktatu windsorskiego w 1386 roku. Wojna między Hiszpanią a Anglią doprowadziła do pogorszenia stosunków z najstarszym sojusznikiem Portugalii i utraty Ormuz . Angielska pomoc udzielona przez angielską królową Elżbietę I w buncie przeciwko królom zapewniła przetrwanie sojuszu. Wojna z Holendrami doprowadziła do najazdów wielu krajów Azji , w tym Cejlonu (dzisiejsza Sri Lanka ), oraz interesów handlowych w Japonii , Afryce ( Mina ) iAmeryka Południowa . Mimo że Portugalczycy nie byli w stanie zdobyć całej wyspy Cejlonu, byli w stanie utrzymać przybrzeżne regiony Cejlonu pod swoją kontrolą przez dłuższy czas. Brazylia została częściowo podbita przez Francję i Siedemnaście Prowincji

W XVII wieku, korzystając z tego okresu słabości Portugalii, wiele terytoriów portugalskich w Brazylii zostało zajętych przez Holendrów , którzy uzyskali dostęp do plantacji trzciny cukrowej . John Maurice, Prince of Nassau-Siegen , został mianowany gubernatorem posiadłości holenderskich w Brazylii w 1637 roku przez Holenderską Kompanię Zachodnioindyjską . Wylądował w Recife, porcie Pernambuco, w styczniu 1637 roku. Dzięki serii udanych wypraw stopniowo rozszerzył posiadłości holenderskie od Sergipe na południu do Sao Luís de Maranhao na północy. Podbił również portugalskie posiadłości zamku Elmina , św. Tomasza i Luandy, Angola, na zachodnim wybrzeżu Afryki. Po rozwiązaniu unii w 1640 r. Portugalia odzyskała władzę nad utraconymi terytoriami imperium portugalskiego . Holenderska inwazja do Brazylii była długotrwała i kłopotliwa dla Portugalii. Siedemnaście prowincji zdobyło dużą część wybrzeża Brazylii, w tym Bahię (i jej stolicę Salvador ) i Pernambuco (i jej stolicę Olindę ). Cały północny wschód Brazylii był okupowany, ale podbój holenderski był krótkotrwały. Po odbiciu Salvadoru przez flotę hiszpańsko-portugalską w 1625 r. nastąpiło szybkie odzyskanie utraconych terytoriów. Holendrzy wrócili w 1630 roku i zdobyli Recife iOlinda w roli kapitana Pernambuco , największego i najbogatszego obszaru produkcji cukru na świecie. To zapoczątkowało wojnę o Brazylię, w której Holendrzy założyli kolonię o nazwie Nowa Holandia
Jednak druga bitwa pod Guararapes, druga i decydująca bitwa w konflikcie zwanym Powstaniem Pernambucana, zakończyła holenderską okupację portugalskiej kolonii Brazylii.

Z drugiej strony Unia Iberyjska otworzyła obu krajom ogólnoświatowy zakres kontroli, ponieważ Portugalia zdominowała wybrzeża Afryki i Azji otaczające Ocean Indyjski , a Hiszpania Ocean Spokojny i obie strony Ameryki Środkowej i Południowej , podczas gdy oba kraje dzieliły Przestrzeń Oceanu Atlantyckiego

Aklamacja Jana IV na króla Portugalii (1908), obraz Veloso Salgado w Muzeum Wojskowym w Lizbonie

Kiedy zmarł Filip II z Portugalii (i III z Hiszpanii), jego następcą został Filip III (i IV z Hiszpanii), który miał inne podejście do kwestii portugalskich. Podniesione podatki dotknęły głównie kupców portugalskich (Carmo Reis 1587). Portugalska szlachta zaczęła tracić na znaczeniu w hiszpańskich Kortezach , a stanowiska rządowe w Portugalii zajęli Hiszpanie. Ostatecznie Filip III próbował uczynić z Portugalii prowincję królewską, a portugalska szlachta straciła całą swoją władzę.

Kilka innych problemów również zaszkodziło poparciu Portugalii dla ich związku z Hiszpanią. Jednym z nich była z pewnością presja ze strony centrum, zwłaszcza ze strony hrabiego-księcia Olivares , na rzecz jednolitości i podziału ciężaru finansowego i militarnego wojen kastylijskich w Europie. Jednak Portugalczycy raczej nie byli skłonni w tym pomóc, ponieważ Hiszpanii nie udało się zapobiec holenderskiej okupacji kilku portugalskich posiadłości kolonialnych, pomimo faktu, że zarówno Portugalczycy, jak i Hiszpanie byli nominalnie pod tą samą koroną.

Kulminacją tej sytuacji była rewolucja dokonana przez szlachtę i wysoką burżuazję 1 grudnia 1640 r., 60 lat po koronacji Filipa I. ^[3] Ta rewolucja, choć przewidywalna, została natychmiast zapoczątkowana przez popularną katalońską rewoltę przeciwko Koronie. Fabuła została zaplanowana przez Antao Vaz de Almada, Miguel de Almeida i Joao Pinto Ribeiro. Oni, wraz z kilkoma sprzymierzeńcami, znanymi jako Czterdziestu Konspiratorów , wykorzystali fakt, że wojska kastylijskie były okupowane po drugiej stronie Półwyspu Iberyjskiego. Rebelianci zabili sekretarza stanu Miguela de Vasconcelos i uwięzili kuzynkę króla, księżną Mantui, który w jego imieniu rządził Portugalią. Moment był dobrze wybrany, gdyż wojska Filipa toczyły w tym czasie wojnę trzydziestoletnią , oprócz wspomnianej wcześniej rewolucji w Katalonii

Poparcie ludu stało się widoczne niemal natychmiast i wkrótce Jan, 8. książę Braganza , został ogłoszony królem Portugalii w całym kraju jako Jan IV. ^[3] Już 2 grudnia 1640 r. Jan wysłał list do Izby Miejskiej Évora jako władca kraju.

Późniejsza portugalska wojna restauracyjna przeciwko Filipowi III (port. Guerra da Restauraçao) składała się głównie z małych potyczek w pobliżu granicy. Najbardziej znaczącymi bitwami były bitwa na liniach Elvas (1659), bitwa pod Ameixial (1663), bitwa pod Castelo Rodrigo (1664) i bitwa pod Montes Claros (1665); Portugalczycy odnieśli zwycięstwo we wszystkich tych bitwach. Jednak Hiszpanie wygrali bitwę pod Vilanovą (1658) i bitwę pod Berlengas (1666) . Bitwa pod Montijo(1644) był niezdecydowany, zaczynając od wielkiego sukcesu hiszpańskiego, a kończąc na sukcesie portugalskim; liczba ofiar była prawie równa.