Założenie nowego miasta powierzono jego zastępcy, Juanowi Lópezowi de Aguirre , ten jednak odpłynął, pozostawiając innego zastępcę o imieniu Medina, aby założył miasto.
W nadchodzących latach Trujillo zyskało na znaczeniu jako Punkt wysyłki Złota i Srebra wydobywanego w głębi kraju.

Ze względu na niewielką populację miasto stało się także częstym celem Piratów

Pod rządami Hiszpanii Trujillo stało się stolicą Hondurasu, (położonego nad Chętnie nawiedzanej przez Piratów Zatoce Hondurasu), ale ze względu na swoją bezbronność stolicę zmieniono na położone w głębi lądu miasto Comayagua

Twierdza Fortaleza de Santa Bárbara (El Castillo), która znajduje się na urwisku z widokiem na zatokę, została zbudowana przez Hiszpanów około 1550 roku.
Niemniej jednak nie była w stanie naprawdę obronić Trujillo przed Piratami - miało tam miejsce największego zgromadzenie Piratów w historii w okolicy w 1683 r. - lub rywalizujące ze sobą potęgi kolonialne: Holendrzy, Francuzi i Anglicy.

W latach 1633-1797 miasto było kilkakrotnie niszczone.
Największe zniszczenie w 1633 roku, podczas ekspedycji z 1633 roku (w której uczestniczyło także dwu innych sławnych piratów/ korsarzy: Cornelis Jol i Diego el Mulato), Holenderskiego korsarsarza Jana Janszooona van Hoorna (nie mylić z Janem Janszoonem van Haarlem, Korsarzem Berberyjskim), a której celem było Bogate Miasto Campeche.

W XVIII wieku Hiszpanie prawie opuścili Trujillo, ponieważ uznano je za nie do obrony, nie zostałby przejęty przez Hiszpanię przez kolejne 97 lat, pozostawiając go wolnym portem dla przemytników.

Okres republikański

Kiedy Honduras uzyskał niepodległość od Hiszpanii w 1821 r., Trujillo utraciło na stałe status stolicy na rzecz Comayagua, która utraciła go na rzecz Tegucigalpy w 1880 r. Od tego samego okresu Trujillo znów zaczął prosperować.

W 1860 roku najemnik William Walker, który przejął kontrolę nad sąsiednią Nikaraguą, został schwytany i stracony w Trujillo na rozkaz Florencio Xatrucha
Jego grób jest lokalną atrakcją turystyczną.

-------------------------------------------------------------
Z wikipedii hiszpańskiej

Trujillo to gmina i miasto w Republice Hondurasu, położone na czele departamentu Colón

Herb

Herb Trujillo

Kilka lat po założeniu Trujillo Cesarz Karol V nadał mu herb.

Składa się z pola jarów z płonącym złotym zamkiem (reprezentującym walki Szlachty (Hidalgo) miasta z Piratami), kolor czerwony oznacza przelaną krew, złoty zamek reprezentuje szlachtę miasta i wysoki rodowód jego założycieli rycerze.

Powyżej Matka Boska i Dzieciątko Jezus . Ma złotą obwódkę z czerwonymi i srebrnymi zamkami , które są herbem Casaus , katalońskiej rodziny pochodzenia normańskiego , która w Kastylii i Ameryce nazywana była "de las Casas" i która posiadała dziedziczny tytuł "Rycerzy Trujillo".
Korona tarczy ma charakter freskowy.

Historia obecnego miasta rozpoczyna się w 1524 roku , wkrótce po podboju Meksyku przez Hernána Cortésa . Cortés wysłał Cristóbala de Olida, aby założył hiszpańską bazę w regionie, a on założył wioskę Truxillo w pobliżu laguny Guaimoreto, ale nie wcześniej niż spotkanie z rdzenną ludnością Papayecas i Chapagua. Kiedy De Olid zaczął wykorzystywać miasto jako bazę do założenia własnego królestwa w kraju, Cortés wysłał Francisco de las Casas, aby go wyeliminował. De las Casas stracił podczas sztormu prawie wszystkie swoje statki, jednak udało mu się pokonać De Olida i zwrócić region Cortésowi.