Każdy reducción miał rodzimego wodza odpowiedzialnego za śledzenie robotników w jego społeczności. System encomienda nie dawał ludziom ziemi, ale pośrednio pomagał w nabywaniu ziemi przez osadników. Jak początkowo zdefiniowano, encomendero i jego spadkobiercy spodziewali się, że będą trzymać te dotacje na zawsze. Po gruntownej reformie koronnej w 1542 r., znanej jako nowe prawa , rodziny encomendero zostały ograniczone do posiadania nadania przez dwa pokolenia. Kiedy Korona próbowała wdrożyć politykę w Peru, wkrótce po podboju hiszpańskim w 1535 r., Hiszpańscy odbiorcy zbuntowali się przeciwko Koronie, zabijając wicekróla Blasco Núnez Vela

W Meksyku wicekról Antonio de Mendoza zdecydował się nie wdrażać reformy, powołując się na lokalne uwarunkowania i możliwość podobnego buntu zdobywców. Do korony powiedział: "Jestem posłuszny władzy koronnej, ale nie przestrzegam tego rozkazu". ^[17] System encomienda został prawnie zakończony w 1720 r., kiedy to korona podjęła próbę zniesienia tej instytucji . Encomenderos byli następnie zobowiązani do płacenia pozostałym robotnikom encomienda za ich pracę.

Encomiendas stał się bardzo skorumpowany i surowy . W sąsiedztwie La Concepción, na północ od Santo Domingo, adelantado z Santiago usłyszał pogłoski o 15-tysięcznej armii planującej zorganizowanie buntu. ^[18] Słysząc to, adelantado schwytał zaangażowanych kacyków i większość z nich kazał powiesić.

Później wódz o imieniu Guarionex siał spustoszenie na wsi, zanim armia licząca około 3090 osób rozgromiła lud Ciguana pod jego dowództwem. ^[19] Chociaż spodziewali się hiszpańskiej ochrony przed walczącymi plemionami, wyspiarze starali się dołączyć do sił hiszpańskich. Pomogli Hiszpanom uporać się z nieznajomością otaczającego ich środowiska.

Jak zauważono, zmiana polegająca na konieczności powrotu encomendado do korony po dwóch pokoleniach była często pomijana, ponieważ koloniści nie chcieli rezygnować z pracy ani władzy. Codice Osuna , jeden z wielu kodeksów Azteków z epoki kolonialnej (rdzennych rękopisów) z rodzimymi obrazkami i tekstem alfabetycznym w języku nahuatl , istnieją dowody na to, że rdzenni mieszkańcy byli świadomi rozróżnienia między społecznościami tubylczymi będącymi w posiadaniu poszczególnych encomenderos a tymi należącymi do Korony .

System encomienda był przedmiotem kontrowersji w Hiszpanii i na jej terytoriach niemal od samego początku . W 1510 roku hiszpański encomendero imieniem Valenzuela zamordował grupę przywódców rdzennych Amerykanów, którzy zgodzili się spotkać w celu rozmów pokojowych w pełnym zaufaniu. Kacyk Taíno Enriquillo zbuntował się przeciwko Hiszpanom w latach 1519-1533. W 1538 roku cesarz Karol V , zdając sobie sprawę z powagi buntu Taíno, zmienił prawa regulujące traktowanie ludzi pracujących w encomiendas . ^[22] Zgadzając się z punktem widzenia Las Casas, traktat pokojowy między Taínos a publicznościązostał ostatecznie przerwany w ciągu czterech do pięciu lat. Korona również aktywnie ścigała nadużycia systemu encomienda , poprzez prawa z Burgos (1512-13) i nowe prawa Indii (1542).

Kapłan z Hispanioli i były encomendero Bartolomé de las Casas przeszedł głębokie nawrócenie po tym, jak zobaczył nadużycia wobec tubylców. ^[23] Poświęcił swoje życie pisaniu i lobbowaniu na rzecz zniesienia systemu encomienda , który, jak sądził, systematycznie zniewalał rdzennych mieszkańców Nowego Świata. Las Casas brał udział w ważnej debacie , w której nalegał na uchwalenie nowych praw i zakończenie systemu encomienda . ^[24] Prawa Burgos i Nowe Prawa Indii zawiodły w obliczu opozycji kolonialnej i faktycznie Nowe Prawa zostały przełożone w Wicekrólestwie Peru . Kiedy Blasco Núnez Vela, pierwszy wicekról Peru, próbował wyegzekwować nowe prawa, które przewidywały stopniowe znoszenie encomienda , wielu encomenderos nie chciało ich przestrzegać i zbuntowało się przeciwko niemu.

Kiedy wieść o tej sytuacji i nadużyciach instytucji dotarła do Hiszpanii, uchwalono Nowe Prawa regulujące i stopniowo znoszące ustrój w Ameryce, a także przypominające zakaz zniewalania rdzennych Amerykanów. Do czasu uchwalenia nowych praw, w 1542 r., Korona hiszpańska uznała swoją niezdolność do kontrolowania i odpowiedniego zapewnienia przestrzegania tradycyjnych praw za granicą, więc przyznała rdzennym Amerykanom szczególną ochronę, której nie mieli nawet Hiszpanie, taką jak zakaz zniewolenia ich nawet w przypadku zbrodni lub wojny. Te dodatkowe zabezpieczenia były próbą uniknięcia mnożenia się nielegalnych roszczeń do niewolnictwa. ^[25]

Wyzwolenie tysięcy rdzennych Amerykanów przetrzymywanych w niewoli w całym imperium hiszpańskim przez nowego wicekróla Blasco Núneza Velę podczas jego podróży do Peru doprowadziło do jego ostatecznego morderstwa i konfliktu zbrojnego między encomenderos a hiszpańską koroną, który zakończył się egzekucją zaangażowanych encomenderos

W większości domen hiszpańskich nabytych w XVI wieku zjawisko encomienda trwało zaledwie kilka dziesięcioleci. Jednak w Peru i Nowej Hiszpanii instytucja encomienda przetrwała znacznie dłużej.

W archipelagu Chiloé w południowym Chile, gdzie encomienda była na tyle obelżywa, że ??w 1712 r. rozpętała bunt , encomienda została zniesiona w 1782 r. ^[28] W pozostałej części Chile została zniesiona w 1789 r., a w całym imperium hiszpańskim w 1791 r.

System encomienda został ogólnie zastąpiony przez system repartimiento zarządzany przez koronę w całej Ameryce hiszpańskiej po połowie XVI wieku. ^[8] Podobnie jak encomienda , nowe repartimiento nie obejmowało przydzielania nikomu ziemi, a jedynie przydział miejscowych robotników. Byli jednak bezpośrednio przydzielani Koronie, która za pośrednictwem miejscowego urzędnika koronnego przydzielała ich do pracy dla osadników na określony czas, zwykle kilka tygodni. Repartimiento była próbą " zmniejszenia nadużyć pracy przymusowej". ^[8] Wraz ze spadkiem liczby tubylców a działalność górnicza została zastąpiona działalnością rolniczą w XVII wieku, powstały hacjendy lub duże posiadłości ziemskie, w których robotnicy byli bezpośrednio zatrudniani przez właścicieli hacjend ( hacendados ), ponieważ posiadanie ziemi stało się bardziej opłacalne niż nabywanie pracy przymusowej.

Raphael Lemkin (twórca terminu ludobójstwo ) uważał nadużycia Hiszpanii wobec rdzennej ludności obu Ameryk za kulturowe, a nawet jawne ludobójstwo, w tym nadużycia systemu encomienda . Opisał niewolnictwo jako "kulturowe ludobójstwo par excellence", zauważając, że "jest to najskuteczniejsza i najdokładniejsza metoda niszczenia kultury, desocjalizacji istot ludzkich". Historyk ekonomii Timothy J. Yeager argumentował, że encomienda była bardziej śmiercionośna niż konwencjonalne niewolnictwo, ponieważ życie pojedynczego robotnika było jednorazowe w obliczu zwykłego zastąpienia go robotnikiem z tej samej działki. ^[34] Uniwersytet Hawajówhistoryk David Stannard opisuje encomienda jako ludobójczy system, który "doprowadził wiele milionów rdzennych mieszkańców Ameryki Środkowej i Południowej do przedwczesnej i bolesnej śmierci".

Program badań nad ludobójstwem Uniwersytetu Yale potwierdza ten pogląd dotyczący nadużyć na Hispanioli.
Program podaje spadek populacji Taíno na Hispanioli w latach 1492-1514 jako przykład ludobójstwa i zauważa, że ??populacja tubylcza spadła z populacji między 100 000 a 1 000 000 do zaledwie 32 000, co oznacza spadek o 68% do ponad 96%. ^[36] Historyk Andrés Reséndez twierdzi, że zniewolenie w kopalniach złota i srebra było głównym powodem, dla którego populacja rdzennych Amerykanów na Hispanioli spadła tak znacząco, ponieważ warunki, w jakich rdzenni mieszkańcy byli poddawani zniewoleniu, od przymusowego przesiedlenia po godziny ciężkiej pracy, przyczynił się do szerzenia się choroby.
Na przykład, według antropologa Jasona Hickela, jedna trzecia pracowników Arawak umierała co sześć miesięcy w wyniku pracy przymusowej w kopalniach.